1、有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權利、義務缺少明確的規定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責任。因此在選擇代賬公司的時候，企業就要更加謹慎。

2、財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

3、會計資料交接麻煩、不夠規范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續，發現遺失或毀損時無法查找。

4、代理記賬單位通常是定期或定時上門服務，日常業務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業務。